از سال 1383 و پیرو نامه دفتر مقام معظم رهبری به شورای عالی انقلاب فرهنگی جمعی از طلاب و دانش آموختگان حوزه علمیه به صورت جهادی حرکتی علمی - فرهنگی را به منظور آسیب شناسی و مقابله با جنبش های معنوی نوظهور آغاز کردند. پژوهش های انجام شده، به صورت مقاله در نشریات گوناگون منتشرشد و از همان زمان نشست ها و برنامه های علمی - فرهنگی در دانشگاه ها، حوزه های علمیه و سایر مراکز فرهنگی و دولتی کشور برگزار شد، که اهم آن برگزاری کارگاه های یک روزه برای روحانیون مستقر با همکاری سازمان تبلیغات و کارگاه های یک روزه برای اساتید دانشگاه با همکاری معاونت امور اساتید نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاه ها بود.

در دوسال اخیر مجموعه اعضا با همکاری نزدیکتر فعالیت هایی را انجام دادند که مهمترین دستاورد های آن عبارت بود از، تدوین راهبرد مقابله با جنبش های معنوی نوین برای سازمان تبلیغات اسلامی، تدوین سیاست های مقابله با معنویت های نوظهور با حمایت دفتر تبلیغات اسلامی و ارائه آن به شورای عالی انقلاب فرهنگی. حضور در پنجمین اجلاس پارلمان ادیان جهان در ملبورن استرالیا و تدوین گزارش تحلیلی از این اجلاس در بیش از دویست صفحه با عنوان «به سوی یک دین جهانی» انتشار فصلنامه تخصصی «مطالعات معنوی» با همکاری پژوهشکده باقرالعلوم، آغاز به همکاری با مرکز تحقیقات جامعه مدرسین، آماده سازی بیش از چهل عنوان کتاب کوچک نقد جنبش های معنوی نوین، راه اندازی سایت «بهداشت معنوی» و در نهایت ثبت رسمی «مؤسسه علمی - فرهنگی بهداشت معنوی».

«موسسه علمی- فرهنگی بهداشت معنوی» با مأموریت آسیب‌شناسی و مقابله با جنبش‌های معنوی نوظهور، در سال همت مضاعف و کار مضاعف (1389) به عنوان یک سازمان مردم نهاد با شماره پروانه 144568/83/8/1 تأسیس شد. این مؤسسه بر اساس سیاست‌های زیر مأموریت خود را دنبال می‌کند:

1. اولویت مواجهه ی فرهنگی با جنبش‌های معنوی نوپدید.
2. انصاف، صداقت و خیرخواهی به خصوص در برنامه های انتقادی.
3. تأکید بر تولید دانش و کار با پشتوانه دانشی در رویارویی با کجروی های معنوی
4. قرائت جهانی از مقابله با جنبش‌های معنوی نوین و تحلیل آن در چارچوب نظری استکبار فرهنگی.
5. پرهیز از اقدامات کوچک و موقت در برابر گسترة فعالیت جنبش‌های معنوی نوپدید و اجرای برنامه های بزرگ، فراگیر و پایدار.
6. همراهی انتقاد و روشنگری با ارائه معنویت ناب اسلامی.
7. پرهیز از رویکرد تدافعی و اتخاذ رویکرد تهاجمی.
8. ارتباط نزدیک و انسجام‌ میان کارهای گوناگون.
9. ایجاد کانونی برای مطالعه و بررسی جنبش‌های معنوی نوظهور
10. به وجود آوردن مرجع پاسخ گویی و مشاوره در زمینه جنبش های معنوی نوین
11. گسترش گفتمان بهداشت معنوی در سطوح عمومی و تخصصی
12. تثبیت پارادایم مطالعات انتقادی در ارتباط با جنبش­های معنوی نوپدید در محیط های علمی.
13. ایجاد نهضت مردمی مقابله فرهنگی با جنبش های معنوی نوظهور و گسترش شبکة بهداشت معنوی در سراسر کشور.
14. به کارگیری همة عوامل جامعه‌پذیری در جهت بازدارندگی در گرایش به معنویت‌های نوظهور.
15. استفاده از ظرفیت های ملی و جهانی برای رویارویی با جنبش های معنوی نوظهور
16. تشکیل هسته‌های علمی - فرهنگی در سایر کشورهای اسلامی
17. جذب پژوهشگران و کارشناسان مطالعات جنبش‌های معنوی نوظهور و سامان‌دهی گروه‌های مطالعاتی و فرهنگی حمایت از پایان نامه‌های مرتبط با مأموریت مؤسسه
18. ایجاد کتاب‌خانة تخصصی جنبش‌های معنوی نوین
19. رصد دائمی فضای فرهنگی جامعه و ارزیابی میدانی گستره فعالیت‌ جمن‌ها
20. آگاه‌سازی اقشار تأثیرگذار فرهنگی از آسیب های جمن ها و آشنا کردن مجامع علمی با مطالعات انتقادی در این حوزه
21. تولید متنوع محصولات فرهنگی در راستای روشنگری نسبت به جنبش های معنوی نوین و توزیع گسترده آن در جامعه.
22. برگزاری کارگاه‌های آموزشی، همایش‌ها و نشست‌های علمی و فرهنگی و برپایی کرسی‌های نظریه‌پردازی
23. ایجاد سایت‌های فعال و یکپارچه در شبکه جهانی اینترنت
24. همکاری با سازمان ها، شخصیت‌ها و گروه‌های علمی و فرهنگی داخلی و خارجی در ارتباط با مأموریت مؤسسه